영국 의사이자 우생학자, 진보적인 지식인, 사회 개혁가였다.
1897년에 영국에서 동성애에 관한 의학 교과서를 처음 썼다. 이 외에 트랜스젠더의 심리학뿐만 아니라 다양한 성적 행위와 성향에 관한 책을 많이 썼다.
1875년에 아버지의 배를 타고 오스트레일리아로 떠났다. 거기서 사립학교의 선생으로 일했으나 뚜렷한 성공을 거두지 못했다. 1879년에 영국으로 돌아간 그는 섹스에 관한 연구를 하기로 결정하고 먼저 의사 자격을 갖추기로 했다. 그는 오늘날 킹스 칼리지 런던에 속하는 세인트 토머스 하스피틀 의대에서 공부했다. 그는 1883년에 ‘펠로우십 오브 더 뉴 라이프’(Fellowship of the New Life)에 가담하면서 엘리노어 마르크스와 에드워드 카펜터, 조지 버나드 쇼 등 사회 개혁가들을 만났다.
1891년에 여권 운동가 이디스 리스(Edith Lees)와 결혼했다. 그들의 결혼은 처음부터 관습에 얽매이지 않았으며, 신혼여행을 끝낸 뒤에 두 사람은 각자 따로 살기 시작했다.
엘리스의 책 『성적 전도』(Sexual Inversion)는 1896년에 독일에서 먼저 출간되었으며, 이듬해 영국에 소개되었다. 엘리스는 ‘자기 성애’와 ‘나르시시즘’ ‘이오니즘’ 같은 심리학적 개념을 소개했으며, ‘자기 성애’와 ‘나르시시즘’은 지그문트 프로이트에 의해 추가로 다듬어졌다.
그는 1939년에 세상을 떠났다. 대표적인 저서로 7권으로 된 <Studies in the Psychology of Sex>가 있다.